Durante el año 2000, año coyuntural por las tensiones tecnológicas derivadas por el cambio de milenio, se identificó en la Funlam, acrónimo que hacía referencia a Fundación Universitaria Luis Amigó, como se denominó la institución hasta el año 2016, la necesidad e importancia de ofrecer un programa de ingeniería de sistemas, atendiendo el compromiso institucional de fortalecer la diversidad académica y que se atendieran las necesidades sentidas en la región y el país en las áreas de tecnología e informática, articulado con la misión institucional.

Por medio del Acuerdo N° 19 de septiembre 5 de 2000 expedido por el Consejo Superior, fue autorizada la gestión para obtener el registro calificado del programa de Ingeniería de Sistemas, el cual fue obtenido bajo Resolución Calificado No.2293 del 3 de octubre de 2002 para ser ofertado en la sede Medellín, con metodología presencial. El surgimiento de este programa dio origen a su vez a la Facultad de Ingeniería mediante el Acuerdo N° 28 del Consejo Superior del 5 de noviembre de 2002, adscrito allí el Programa de Ingeniería de Sistemas. La nueva Facultad empezó a gestionar el inicio de labores académicas que permitieron el inicio de la primera cohorte del Programa en el primer semestre del año 2003.
Desde ese momento, la Facultad ha generado un proceso continuo de formación en docencia, en investigación y extensión, lo que ha permitido contribuir para generar una dinámica de transformaciones en la Institución desde la perspectiva de ampliar su visión interdisciplinar.
En julio de 2006, mediante Resolución 3940 del 18 de julio, el MEN aprueba el programa de Tecnología en Sistemas de Información, con una vigencia a 7 años, como ciclo propedéutico para el programa de Ingeniería de Sistemas, programa que nunca se abrió. A finales del año 2007 se realizó la ceremonia de grados de los primeros ocho graduados del programa de Ingeniería de Sistemas.

En octubre de 2009 se obtuvo la primera renovación del programa de Ingeniería de Sistemas, según Resolución No 9142 del 23 de noviembre de 2009, con una vigencia por un periodo de siete (7) años. Con base en el plan de estudios del programa en Medellín y haciendo los respectivos estudios de pertinencia regional, se estructuró el documento maestro para los Centros Regionales de Apartadó y Montería, los cuales fueron debidamente aprobados por el Consejo Superior de la Funlam y por el Ministerio de Educación Nacional de Colombia, mediante registro 102206 de 2011 y 101431 de 2013, respectivamente.

En el año 2010, se traslada de la Vicerrectoría Académica al programa de Ingeniería de Sistemas, el Departamento de Informática, que atiende la formación, extensión e investigación de esta área a toda la institución. Desde febrero de 2009, la Facultad ha trabajado en la consolidación del programa de Ingeniería de Sistemas en el área metropolitana de Medellín. Esta facultad lideró la Red Antioqueña de Directores de Ingeniería Informática, Sistemas y Afines (RADISA), la cual tiene como objeto social agremiar a los programas de Ingeniería de Sistemas, Ingeniería Informática y afines y desde el año 2016 al 2019 lideró el nodo Antioquia de la Red de Decanos y Directores de Ingeniería de Sistemas y programas afines (REDIS).

De igual forma, en el año 2009 y como parte del compromiso de fortalecer la diversidad académica, además de la apertura para la enseñanza de otros campos disciplinares, se inicia un proceso de reflexión y generación de propuestas para la creación del Departamento de Ciencias Básicas, el cual fue creado y adscrito a la Facultad de Ingenierías, mediante Acuerdo del Consejo Superior N° 5 de 2011 y la exploración de otros programas en el área de ingenierías que fueron autorizados para su proceso de obtención de registros los programas de Ingeniería Civil, mediante Acuerdo Superior N° 5 de 2014; al igual que se autoriza la creación del programa de Ingeniería de sistema del Centro Regional Manizales, mediante Acuerdo del Consejo Superior N° 12 de 2014. como también se autorizó la creación de los programas de Ingeniería Industrial y el programa de Arquitectura.
En el año 2015 se traslada el Departamento de Ciencias Básicas a la Vicerrectoría de Investigaciones, en la nueva Estructura Orgánica, según Acuerdo del Consejo Superior N° 4 de 2015. De igual forma, en este año se radicaron las condiciones para la segunda renovación del Registro Calificado, después de haber implementado gran parte de las acciones de mejora, derivadas de los procesos de autoevaluación; al igual que el documento maestro para obtener el registro del programa de Ingeniería de Sistemas, Centro Regional Manizales. Esta nueva renovación del registro calificado Medellín trajo consigo un plan de estudios renovado, ajustado a las necesidades del sector productivo, que brinda a los graduados mayor competitividad. El 28 de abril del año 2016 se obtuvo mediante resolución N. 8408 la renovación del Registro Calificado por 7 años más, pero primero llegó el Registro Calificado de Manizales, bajo Resolución de aprobación 4734 y código SNIES 105226, con una vigencia igual a 7 años también.

En febrero 24 de 2014, mediante Resolución 2383 del Ministerio de Educación Nacional MEN, fue aprobado para su funcionamiento y apertura el programa de Arquitectura, que fue adscrito a la Facultad y renombrada como Facultad de Ingenierías y Arquitectura. El programa de Ingeniería Civil, sede Medellín, metodología presencial, se crea por el MEN el 3 de septiembre de 2015, mediante Resolución 13807. Este mismo año se autoriza la creación del programa de Ingeniería Industrial, metodología presencial, inicialmente para el Centro Regional de Manizales mediante Registro 10424 del 14 de julio de 2015 y para Medellín, se aprueba 4 meses después, mediante Registro 14252 del 7 septiembre del mismo año.

De la misma manera, con el ánimo de contribuir a la formación especializada y posgradual tanto de los egresados de la Universidad Católica Luis Amigo, como de otros profesionales que dieran respuesta a las necesidades de un sector productivo en constante crecimiento, en el 2017 se hacen los estudios pertinentes y la construcción del documento maestro para la Especialización en Big Data e Inteligencia de Negocios, registro que se obtiene el 13 de febrero de 2018, mediante Registro del MEN N° 2055; programa que posteriormente fue aprobado en el Centro Regional Manizales, el 24 de mayo de 2022, mediante Resolución 8932 de 2022.

Ya con los nuevos programas de ingenierías y arquitectura, la Facultad se incorporó a redes académicas relacionadas con las áreas de conocimiento: Participación en Red de Programas de Ingeniería Civil- Repic desde 2016 y Red de Programas de Ingeniería Industrial – Redin desde 2021; sumándose a las ya existentes.

La institución en su momento le quiso apostar a programas técnicos y tecnológicos profesionales, solicitando a la Facultad la creación de los programas Técnica Profesional en Sistemas y Mantenimiento de Redes y Tecnología en Desarrollo de Software, ambos presenciales para la Medellín; obteniendo el registro calificado solo del programa tecnológico, de acuerdo a la Resolución 15781 del 18 de diciembre de 2019; iniciando cohortes en el primer semestre de 2022.

En marzo de 2022, el programa de Ingeniería de Sistemas radica las condiciones para la tercera renovación del Registro Calificado, acogiendo los nuevos lineamientos y directrices del decreto 1330 de 2019 y de la resolución 21795 de 2020, haciendo hincapié en los Resultados de Aprendizaje.
En el año 2023, este programa experimentó una notable expansión al incorporar el énfasis en Datos, proporcionando una alternativa al Desarrollo. El 3 de abril de ese mismo año, se alcanzó un logro significativo cuando el programa recibió la Resolución 005354 del Ministerio de Educación Nacional (MEN), que renovó el Registro Calificado por un período de 7 años. Sin embargo, el verdadero punto de inflexión de este año ocurrió el 8 de mayo de 2023, cuando el MEN emitió la Resolución N° 007591. Esta resolución marcó un hito en la Facultad al otorgar al programa la Acreditación de Alta Calidad por primera vez, con una vigencia de 6 años.

Actualmente, la Facultad de Ingenierías y Arquitectura cuenta con cinco programas con estudiantes activos: Ingeniería de Sistemas, Ingeniería Civil, Ingeniería Industrial, Tecnología en Desarrollo de Software y Especialización en Big Data e Inteligencia de Negocios. De estos, los programas de Ingeniería Civil e Ingeniería Industrial no cuentan con registro calificado activo por lo cual no presentan nuevos estudiantes y nuevas cohortes.

De igual forma, la Facultad desde su prospectiva académica quiere conservar los registros de los programas activos y estudia la creación de nuevos programas de pregrado y de posgrado que aumenten la cantidad de oferta académica para aportarle al cumplimiento de su visión articulados a la misión y principios institucionales.